Non esiste una diagnosi medica definitiva, ma le teorie più accreditate suggeriscono che Mozart soffrisse di Sindrome di Tourette, evidenziata da tic motori e vocali, comportamenti impulsivi e linguaggio scurrile. Altre ipotesi includono disturbo bipolare, autismo o Sindrome di Asperger. Morì nel 1791, a 35 anni, probabilmente a causa di un'infezione, edemi o insufficienza renale.
Gli studi principali suggeriscono che gli atteggiamenti eccentrici e scontrosi di Mozart, che andavano dal linguaggio scurrile ai movimenti ripetitivi di mani e piedi e alle mimiche facciali esagerate, potrebbero non essere semplicemente parte della sua personalità, ma indicativi della sindrome di Tourette.
Richiamandosi agli episodi dell'età giovanile, alcuni dei quali riferibili ad attacchi di febbre reumatica acuta streptococcica, diversi specialisti hanno ritenuto che la salute di Mozart fu minata da quadro di glomerulonefrite post-streptococcica ingravescente evoluto verso l'insufficienza renale nel corso degli anni.
L'eccessiva sensibilità ai rumori, il deficit dell'attenzione, la scarsa capacità di concentrazione e altri segnali più o meno significativi hanno portato numerosi studiosi a concordare sul fatto che Mozart sia stato autistico.
Albert Einstein, Thomas Jefferson, Isaac Newton, W. Amadeus Mozart, Andy Warhol, Michelangelo Buonarroti, Charles Schulz, solo per citarne alcuni, sarebbero stati sia dislessici che Asperger.