La colonscopia senza sedazione può provocare dolore, crampi e un forte senso di disagio, rendendo l'esame spesso spiacevole a causa dell'aria insufflata e dello scorrimento dello strumento nel colon. Sebbene la percezione sia soggettiva, la maggior parte degli esami viene eseguita con sedazione cosciente per garantire comfort.
Il paziente può scegliere se eseguire la colonscopia senza sedazione o previa somministrazione di un sedativo, che consente di ridurre eventuali stati d'ansia e di dolore. La sedazione cosciente riduce notevolmente il disagio per il paziente e rende più tollerabile l'esecuzione dell'indagine.
Durante la colonscopia in sedazione, un anestesista somministra farmaci che inducono uno stato di rilassamento o addirittura il sonno, consentendo al paziente di non percepire o ricordare l'esperienza.
La colonscopia è sconsigliata in caso di gravi problemi cardiaci o respiratori, infiammazioni intestinali acute (come diverticolite acuta o colite fulminante), perforazione intestinale sospetta, intervento chirurgico addominale recente, sanguinamento attivo importante o grave alterazione della coagulazione; è inoltre da posticipare in gravidanza se non strettamente necessaria, e la preparazione intestinale deve essere completa per evitarne la ripetizione.