La differenza fondamentale è che l'associazione nasce dall'unione di persone che perseguono uno scopo comune (prevalenza dell'elemento personale), mentre la fondazione nasce da un patrimonio privato vincolato a uno scopo di pubblica utilità (prevalenza dell'elemento patrimoniale). Le associazioni possono essere riconosciute o meno e hanno organi eletti dai soci, mentre le fondazioni devono essere riconosciute, hanno autonomia patrimoniale perfetta e un organo di gestione nominato secondo lo statuto, non soci.
Un'altra differenza tra associazioni e fondazioni riguarda la natura dei negozi costitutivi: l'atto costitutivo di un'associazione è un contratto a cui partecipano più persone, mentre quello della Fondazione è un negozio unilaterale in cui può intervenire anche una sola persona.
esenzione dell'imposta di bollo e dell'obbligo di emettere scontrino fiscale (solo per le attività istituzionali); semplificazione degli adempimenti contabili; esenzioni e agevolazioni varie per imposte comunali, provinciali, regionali e per i redditi da capitale.
Spesso, la fondazione può essere un ente costituito da un facoltoso soggetto fondatore che decide di destinare una parte del proprio patrimonio privato a perseguire uno scopo ben preciso, come la promozione della ricerca scientifica su una pericolosa patologia, ad esempio.
Infatti il Codice del Terzo Settore stabilisce che il patrimonio minimo per il conseguimento della personalità giuridica deve essere: 15.000 euro per le associazioni; 30.000 euro per le fondazioni.