La differenza fondamentale risiede nella capacità di sopravvivenza e nell'effetto benefico: i probiotici sono microrganismi vivi che, ingeriti in quantità adeguate, superano la barriera acida dello stomaco, arrivano vivi nell'intestino e lo colonizzano. I fermenti lattici sono batteri che producono acido lattico ma, generalmente, muoiono nello stomaco.
I fermenti lattici, una volta ingeriti, non sopravvivono al passaggio nello stomaco mentre i probiotici rimangono vivi per tutto il tragitto, dall'ingresso nel cavo orale fino all'intestino, dove si replicano ed esplicano attività metaboliche, fornendo quindi un beneficio a tutto l'organismo.
Non si dovrebbero prendere i probiotici in caso di sistema immunitario compromesso (chemioterapia, HIV, trapianti, malattie autoimmuni) a causa del rischio di infezioni sistemiche; in presenza di allergie agli ingredienti specifici, pancreatite; o senza una reale necessità, preferendo assumerli sotto consiglio medico, specialmente se si assumono già altri farmaci o integratori. È importante consultare il medico prima dell'uso, soprattutto in caso di condizioni specifiche o se si sta seguendo altre terapie.