Tuttavia, mentre il questore ha come diretto superiore il capo della Polizia di Stato, a sua volta inquadrato dal Ministero, il prefetto dipende gerarchicamente soltanto dal Ministro, del quale è anche il rappresentante territoriale.
la Prefettura ha funzioni amministrative più ampie della Questura; la Questura ha una competenza strettamente collegata alla tutela dell'ordine pubblico, con funzioni di coordinamento e direzione anche delle forze armate diverse dalla Polizia di Stato.
Il prefetto dipende gerarchicamente dal ministro dell'Interno, ma il Presidente del Consiglio dei ministri e gli altri ministri, nell'esercizio del potere di indirizzo politico-amministrativo, possono emanare apposite direttive ai prefetti.
Dopo la riforma della Polizia di Stato operata dalla legge 1º aprile 1981 n. 121, non dipende più dal prefetto. Prima della riforma, era espressamente stabilito che "Il Questore è alle dipendenze del Prefetto". Il rapporto fra il Prefetto e il Questore è oggi invece un rapporto di coordinamento.
Il prefetto rappresenta l'autorità provinciale di pubblica sicurezza, presiede il comitato provinciale per l'ordine e la sicurezza, può emanare ordinanze e decreti a tutela dell'ordine pubblico e coordina l'attività delle forze dell'ordine.