Agamennone fu assassinato al suo ritorno da Troia dalla moglie Clitennestra e dal suo amante Egisto in un agguato a Micene, solitamente descritto durante un banchetto o un bagno. Clitennestra, nutrendo rancore, lo colpì con un'ascia o una spada, vendicando il sacrificio della loro figlia Ifigenia.
L'assassinio di Agamennone può essere inteso come il naturale epilogo della sua esistenza, iniziata con la violenza: la madre Pelopia viene infatti stuprata dal padre Tieste, ed Egisto è frutto di questo incesto.
Secondo un'altra versione, certamente più recente perché meno violenta, al momento del sacrificio Ifigenia viene sostituita da Artemide con una cerva. È infatti proprio per aver ucciso in precedenza una cerva a lei cara che Agamennone è stato punito da Artemide.
Prima di sposare Agamennone, Clitennestra era la moglie di Tantalo, ma Agamennone, figlio di Atreo e re di Micene, lo uccise per prendere Clitennestra come sua sposa.
Da chi fu ucciso Agamennone dopo il suo ritorno a casa?
scampò per volontà di Hera dalla famosa tempesta presso il capo Malea, giunse sì a casa, ma fu subito ucciso da Egisto, che aveva durante l'assenza decennale del marito sedotto Clitennestra: questa nella Telemachia, tranne in versi che mancavano nei manoscritti antichi, non è che complice; Cassandra non appare.