Naruto ama e sposa Hinata Hyuga, con la quale forma una famiglia. Sebbene Naruto avesse una cotta infantile per Sakura, sviluppa sentimenti profondi e reciproci per Hinata col tempo, rendendosi conto del suo amore incondizionato. Sakura rimane innamorata di Sasuke Uchiha, come evidenziato nel corso della serie.
In seguito, Sakura assiste Naruto nello scontro con Kakuzu e durante la ricerca di Sasuke, che si rivela un ulteriore fallimento. Riappare in occasione dell'attacco di Pain mentre cura Hinata, rendendosi conto che la ragazza è innamorata di Naruto.
Durante questo viaggio, tramite un genjustu, Naruto si rende finalmente conto di come Hinata sia da sempre innamorata di lui ed incomincia a realizzare i sentimenti che lui stesso prova nei suoi confronti.
Hinata Hyuga è l'unica ragazza ad essersi innamorata di Naruto, durante il corso del manga; tuttavia, egli si accorgerà del suo amore per lei solo dopo diversi anni, arrivando a ricambiare i suoi sentimenti e a formare una famiglia insieme a lei.
Praticamente, Naruto ha iniziato ad amare Hinata una volta che lo studio ha detto a Kishimoto che avevano bisogno di un sequel per continuare a fare un sacco di soldi e Kishimoto aveva bisogno che Naruto avesse un figlio.