La differenza principale tra loro ed essi (con il femminile esse) riguarda l'uso, il genere e il registro stilistico. "Loro" è invariabile (maschile/femminile) e usato per persone, animali o cose. "Essi" è un pronome soggetto formale, distinto per genere (essi/esse), utilizzato preferibilmente per animali o cose, o in contesti scritti sostenuti.
I pronomi personali soggetto di 3a persona hanno forme diverse per il maschile (lui, egli, esso, essi) e per il femminile (lei, ella, essa, esse); loro, 3a persona plurale, non si distingue invece per genere.
Pronome di 3a pers. plur., masch. e femm., riferito generalmente a persone, talvolta anche ad animali e cose inanimate. Si adopera di regola come complemento, preceduto da preposizione: uno o una di loro (anche di essi o di esse), tocca a loro, dipende da loro, rispondo io per loro, si consolano fra loro o fra di loro.
essi, esse che sostituiscono normalmente i pron. disusati eglino, elleno (plur. di egli). Può avere funzione di soggetto e di complemento: essi credono; qualcuna di esse; Com 'om che torna a la perduta strada, Che 'nfino ad essa li pare ire in vano (Dante).