La differenza principale tra "was" (past simple) e "have been" (present perfect) risiede nel rapporto temporale con il presente: "was" indica un'azione conclusa in un tempo definito nel passato, mentre "have been" descrive un'azione iniziata nel passato che continua o ha effetti nel presente.
"was" è il passato semplice mentre "has been" è il passato prossimo. "was" si usa se la cosa è successa nel passato ed è già finita. "has been" è sia ancora in corso (dal passato) sia una cosa abituale/regolare che è successa nel passato e succede ancora adesso.
Iniziamo dall'uso di questo tempo: il present perfect viene impiegato in generale per parlare di un'azione del passato senza specificare quando è successo, di un evento accaduto in un momento irrilevante o sconosciuto. Ad esempio, I have been to Dublin si traduce come "Sono stato a Dublino".
Was corrisponde alla prima persona singolare, per cui è utilizzato quando il soggetto della tua frase è "I" e anche si riferisce alla terza persona singolare, cioè è utilizzato quando il soggetto è "he, she o it".
“Had” è il passato di “have” e “was” è il passato di “is”. Puoi dire "he had said" ma non diresti "what was you say", potresti invece dire "what was said" o "what was that you said".