Alcuni farmaci possono aumentare il rischio di trombosi, in particolare contraccettivi orali ed estroprogestinici, i FANS (antinfiammatori non steroidei come ibuprofene, diclofenac, naprossene), alcuni antitumorali, farmaci antidepressivi (SSRI), e terapie ormonali. Il rischio aumenta per l'uso prolungato o l'associazione di più farmaci.
In questi casi (molto frequenti soprattutto in chi ha varici o subisce traumi), l'utilizzo dell'eparina ha essenzialmente scopo preventivo e si propone di impedire la formazione di ulteriori trombi all'interno del circolo venoso.
Vengono, inoltre, attivati i mediatori generici dell'infiammazione che portano a: un incremento della coagulazione del sangue, possibile responsabile di fenomeni trombotici; una insulino-resistenza che può evolvere in vero e proprio diabete”.
I soggetti eterozigoti (portatori di una sola copia della variante) hanno un rischio 8 volte superiore di sviluppare una trombosi venosa, mentre gli omozigoti (portatori di entrambe le copie) hanno un rischio pari ad 80 volte.