Tuttavia, mentre il questore ha come diretto superiore il capo della Polizia di Stato, a sua volta inquadrato dal Ministero, il prefetto dipende gerarchicamente soltanto dal Ministro, del quale è anche il rappresentante territoriale.
la Prefettura ha funzioni amministrative più ampie della Questura; la Questura ha una competenza strettamente collegata alla tutela dell'ordine pubblico, con funzioni di coordinamento e direzione anche delle forze armate diverse dalla Polizia di Stato.
Il Questore è un funzionario della Polizia di Stato, subordinato al Prefetto. I suoi compiti sono unicamente rivolti alla pubblica sicurezza in ambito locale e provinciale. Il Prefetto è a capo della Prefettura, un organo periferico dell'Amministrazione statale, dipendente dal ministero dell'Interno.
Il prefetto dipende gerarchicamente dal ministro dell'Interno, ma il Presidente del Consiglio dei ministri e gli altri ministri, nell'esercizio del potere di indirizzo politico-amministrativo, possono emanare apposite direttive ai prefetti.
Il rapporto fra le due autorità è ora improntato al modello del coordinamento, il cui potere spetta al prefetto nei confronti del questore e dei comandanti provinciali delle forze di polizia (Carabinieri, Guardia di Finanza).