Le cause del cheratocono non sono note con certezza. Tuttavia, ci potrebbe essere una predisposizione genetica. Inoltre ci sono possibili legami con patologie generali dell'organismo (sistemiche), come la sindrome di Down, alcune malattie del collagene, l'atopia.
Le cause che determinano il cheratocono non si conoscono in maniera certa, ma si ipotizza che l'insorgenza della malattia sia strettamente correlata a fattori genetici, fattori esterni (es: microtraumi da sfregamento), disfunzioni delle ghiandole endocrine o predisposizioni allergiche.
Pertanto, le principali cause o fattori di rischio noti per il cheratocono sono: Predisposizione genetica o ereditaria. Sfregamento cronico degli occhi e irritazione, anch'essa cronica. Traumi minori persistenti nell'occhio che possono danneggiare la struttura della cornea.
L'insorgenza avviene, infatti, solitamente tra i 14 e i 16 anni. La progressione del cheratocono può essere rapida, ma anche lenta nel tempo, e fisiologicamente si osserva un assestamento intorno ai 40 anni.
Se si trascura il cheratocono e lo si lascia progredire si possono formare delle microcicatrici sulla cornea che la rendono opaca. La cornea tende ad assottigliarsi sempre di più fino a perforarsi con possibile rischio di perdere non solo la vista, ma anche l'integrità del bulbo oculare.