Il fumo nero del Palo Santo non ha un significato spirituale positivo, ma indica piuttosto una bassa qualità del legno o un errore nell'accensione, con eccessiva linfa e carbonizzazione, a differenza del fumo bianco tipico del legno stagionato e di qualità, che indica purificazione, calma e un'atmosfera energetica positiva; il fumo nero segnala che si sta bruciando troppo olio essenziale, intaccando aroma e proprietà benefiche.
Il fumo del Palo Santo di qualità deve essere bianco: questo indica il rispetto di una corretta stagionatura del legno. Se il fumo invece risulta nero significa che contiene troppa linfa e non è stato adeguatamente trattato.
È un fenomeno che riguarda soprattutto i motori a gasolio, ma talvolta colpisce anche i propulsori a benzina. Le cause più probabili sono il filtro dell'aria sporco, un malfunzionamento dei sensori o un sistema di iniezione che richiede quantomeno una messa a punto.
Il Palo Santo deve avere un colore paglierino se proveniente dall' Ecuador, più dorato se originario del Perù. Può contenere più o meno venature, ma non deve essere né troppo scuro né troppo chiaro. Se è molto scuro, tendente al marrone, potrebbe essere estratto da parti poco pregiate, come la corteccia o le radici.