I pitagorici consideravano il corpo come una prigione dell'anima e il corpo come il purgatorio. Essi credevano che l'anima fosse una cosa indipendente dal corpo e che godesse di immortalità. L'anima è destinata a reincarnarsi e questo ciclo terminerà quando questa si sarà purificata.
I Pitagorici credevano che il numero fosse l'origine di ogni cosa, perché tutto poteva essere rappresentato mediante i numeri. Inoltre, i Pitagorici ritenevano che i numeri dispari fossero perfetti, poiché erano limitati, finiti, e che i numeri pari fossero imperfetti, poiché erano illimitati, infiniti.
Alla concezione dualistica dei Pitagorici va poi ricollegata la dottrina della reincarnazione dell'anima: la metempsicosi (ripresa evidentemente dall'orfismo), che è il viaggio dell'anima da un corpo all'altro. L'anima (psyché) è l'elemento positivo di questo dualismo, il corpo quello negativo.
Il numero è pertanto l'archè di tutte le cose, il principio unificatore della realtà. Ma, dal momento che i numeri contengono tutti l'unità, in quanto nascono tutti dall'unità sommata a se stessa, i Pitagorici possono affermare che l'archè è l'uno.
Il compito della filosofia secondo il pensiero pitagorico è la purificazione dell'anima attraverso la conoscenza dell'ordine superiore dell'universo. Centrale fu nella dottrina pitagorica la riflessione sui numeri, con la quale egli si riteneva in grado di spiegare la struttura atomica dell'universo.