La morte di Pitagora è avvolta nella leggenda e non esiste una versione storica univoca. Secondo le fonti più accreditate, egli morì in seguito all'attacco alla sua scuola a Crotone, orchestrato da Cilone, un nobile locale, intorno al 508 a.C.. Le ragioni includono persecuzioni politiche contro i pitagorici, invidia, o, in un racconto folkloristico, il rifiuto di attraversare un campo di fave.
Pitagora dunque fu preso mentre fuggiva: giunto a un campo di fave, pur di non attraversarlo si arrestò, proclamando che era meglio essere catturato piuttosto che calpestarle e preferiva farsi uccidere, piuttosto che parlare; così, fu sgozzato dai suoi inseguitori.
Simbolismi. All'origine del divieto ci potrebbero essere ragioni sia pratiche sia simboliche: poteva trattarsi di una precauzione contro il favismo (grave forma di anemia causata dall'ingestione di fave), oppure semplicemente questo legume era considerato impuro.
In seguito, intorno al 508 a.C., la Scuola Pitagorica a Crotone fu attaccata da Cylon, un nobile della stessa Crotone. Pitagora scappò nel Metaponzio e molti autori dicono che morì là, altri asseriscono che egli si suicidò a causa dell'attacco alla sua Scuola.
Diciamo subito che di Pitagora non esiste una vera storia. Per lo più è una leggenda e ci sono moltissime versioni, spesso diverse tra loro. Alcuni addirittura pensano che Pitagora non sia nemmeno mai esistito!