Il Questore è un funzionario della Polizia di Stato, subordinato al Prefetto. I suoi compiti sono unicamente rivolti alla pubblica sicurezza in ambito locale e provinciale. Il Prefetto è a capo della Prefettura, un organo periferico dell'Amministrazione statale, dipendente dal ministero dell'Interno.
la Prefettura ha funzioni amministrative più ampie della Questura; la Questura ha una competenza strettamente collegata alla tutela dell'ordine pubblico, con funzioni di coordinamento e direzione anche delle forze armate diverse dalla Polizia di Stato.
Chi è più alto in grado il Prefetto o il questore?
Tuttavia, mentre il questore ha come diretto superiore il capo della Polizia di Stato, a sua volta inquadrato dal Ministero, il prefetto dipende gerarchicamente soltanto dal Ministro, del quale è anche il rappresentante territoriale.
Dopo la riforma della Polizia di Stato operata dalla legge 1º aprile 1981 n. 121, non dipende più dal prefetto. Prima della riforma, era espressamente stabilito che "Il Questore è alle dipendenze del Prefetto". Il rapporto fra il Prefetto e il Questore è oggi invece un rapporto di coordinamento.
La prefettura – Ufficio territoriale del Governo, per il tramite della Conferenza permanente, assume il ruolo di una vera e propria sede di mediazione sociale, di stanza di compensazione dei conflitti a livello locale, destinata a coinvolgere il maggior numero possibile di soggetti che operano sul territorio.