La principale debolezza di Superman è la kryptonite, un minerale radioattivo proveniente dal suo pianeta natale Krypton che lo indebolisce, gli provoca dolore e può ucciderlo. Oltre alla classica verde, esistono varianti come la rossa (altera la personalità), oro (toglie i poteri) e blu. Altre vulnerabilità includono la magia, la forza fisica sovrumana di avversari come Doomsday e la dipendenza dalla luce solare gialla.
Grazie alla grande notorietà di Superman e dell'effetto che gli fa il minerale, la kryptonite viene a volte utilizzata come metafora nel parlare comune, analogamente al tallone di Achille, per indicare il punto debole di qualcuno.
Kriptonite, soli rossi e magia. Altre sono solo alcune teorie inventate da persone su internet. E ci sono altre "debolezze" inventate, come il fatto che Superman sia debole all'elettricità, ecc.
Nella storia, Superman combatte contro un'apparentemente inarrestabile macchina di morte chiamata Doomsday per le strade di Metropolis; nel numero conclusivo (Superman (vol. 2) n. 75) entrambi i contendenti muoiono per le ferite della battaglia.
Superman normalmente può sollevare circa 200 quintilioni di tonnellate, ma ne ha sollevate 400 quintilioni e ha detto di sentirsi in grado di fare di più dopo essersi avvicinato al sole.