L'aerostazione originaria, costruita tra il 1958 e il 1962 e progettata dall'architetto Vittorio Gandolfi, è stata negli anni più volte sviluppata e corrisponde sostanzialmente al Terminal 2.
1958 – L'architetto Vittorio Gandolfi progetta la nuova aerostazione. Iniziano le opere di edificazione. 1960 – Trasferimento all'Aeroporto di Milano-Linate di tutti i voli nazionali ed europei e assegnazione a Malpensa dei voli intercontinentali di Milano e del Nord Italia.
La Sea di Milano, secondo polo aeroportuale nazionale con gli scali di Linate e Malpensa, è controllata dal Comune di Milano con il 54,81% delle quote. Il secondo azionista è F2i (44,37%), il più importante fondo privato italiano di investimenti nel settore infrastrutture.
Si comincia dunque a guardare a Malpensa. Il 7 giugno viene fatta richiesta al Ministero di poter attrezzare l'area da militare a civile. Dopo i primi lavori il 21 novembre 1948 l'aeroporto è ufficialmente aperto. Sono passati solo pochi mesi dalla costituzione della Società.
Il luogo dove ora sorge l'aeroporto era occupato in passato dalla Cascina Malpensa, un edificio settecentesco adibito a campo d'aviazione dove gli industriali Augusta e Caproni facevano volare i loro prototipi. Il campo, grazie all'aggiunta di alcune strutture militari divenne presto anche scuola di pilotaggio.