La fistola perianale tipicamente si manifesta con la fuoriuscita di materiale siero-ematico, purulento e/o fecale in corrispondenza del foro, il cosiddetto orifizio fistoloso esterno, a livello della cute vicina all'ano. Spesso la regione perianale è arrossata, dolente e si associa a prurito.
Una fistola è caratterizzata da una spiacevole sensazione d'irritazione, con prurito e gonfiore anale che aumenta di intensità in seguito alla defecazione e che può essere associato a perdite, talvolta minime ma continue, di feci, muco o pus, con conseguente sensazione di umidità.
La fistola si presenta con una secrezione purulenta (continua o intermittente) da un orificio cutaneo che riduce il dolore; si può associare linfoadenite satellite inguinale. La cute circostante l'orificio esterno si presenta indurita; gli orifici possono essere plurimi da tragitti secondari.
Una fistola anale procura tipicamente irritazione intorno all'ano, prurito, bruciore e, talvolta, dolore. Questi sintomi tendono ad accentuarsi durante la defecazione e si accompagnano alla secrezione intermittente o costante di pus o di materiale sieroso da un piccolo forellino situato vicino all'ano.
Un nodulo di consistenza lignea vicina all'ano potrebbe indicare la presenza di un tumore. In rari casi, un rigonfiamento in sede anale può essere l'esordio di un morbo di Crohn. Talvolta, possono essere chiamate in causa infezioni virali, trasmesse principalmente per via sessuale (condilomi).