Durante il governo militare in Grecia, negli anni '70, per ragioni politiche tutte le case vennero ridipinte di bianco per legge, anche per richiamare i colori della bandiera greca. Al contrario, le cupole delle chiese erano già dipinte di blu nella maggior parte dei casi e così rimasero.
In passato le abitazioni erano concepite in forme piuttosto semplici, a causa della scarsità di materiali disponibili e dipinte di bianco per disperdere il forte calore che si accumulava nelle assolate estati greche.
Perché le case greche sono bianche e blu? In origine la bandiera era blu con una croce bianca diagonale. Durante il dominio turco che durò 400 anni, non potendo esporre la loro bandiera, i Greci dipingevano le loro case di bianco e azzurro.
Il borgo principale dell'isola, Thira, è attualmente costituito dalle caratteristiche case bianche, da chiese ortodosse a cupola azzurra (vi è anche una chiesa cattolica in località Firostefani) e numerose gioiellerie, arroccate lungo la parete interna dell'isola alta fino a 400 metri.
Le caratteristiche principali di un villaggio di Santorini sono quelle di un tipico insediamento nelle isole cicladi: volumi solidi, piccole case dipinte di bianco, con porte e finestre blu, vicine tra loro, con muri spessi e poste in stradine molto strette.