La civiltà Maya classica non si è estinta improvvisamente, ma è andata incontro a un collasso strutturale intorno al 900 d.C. a causa di una combinazione di fattori, tra cui siccità prolungate, sovrappopolazione, esaurimento delle risorse e guerre intestine. Questo declino, che ha portato all'abbandono delle grandi città, è stato poi perfezionato dalla conquista spagnola nel XVI secolo.
La teoria più recente afferma che le terre basse a sud siano state conquistate da gruppi probabilmente originari della zona costiera del golfo. Questa invasione, cominciata nel IX secolo e durata 100 anni, avrebbe determinato la distruzione della civiltà maya del periodo classico.
Il consenso entrò in crisi quando la tecnologia agricola fu insufficiente a coprire le esigenze economiche: crollo economico, carestie, rivolte, guerre fecero sgretolare nel giro di pochi decenni il mondo maya, costruito in secoli di paziente fatica.
Alla sua crisi, intorno al 1220, emerse l ultima importante città maya, Mayapán, che esercitò il proprio dominio regionale fino al 1440. Quando nella regione arrivarono gli spagnoli (lo Yucatán fu conquistato da Francisco de Montejo nel 1541), la grande civiltà maya era pressoché scomparsa.
Le civiltà Maya, Azteca e Inca, pur condividendo alcune caratteristiche, si differenziavano per cultura, lingua, religione e geografia. I Maya prosperarono nello Yucatán, gli Aztechi nell'altopiano messicano e gli Inca lungo le Ande, lasciando un'impronta duratura sulla storia delle Americhe.