I principali svantaggi dei sistemi common rail includono costi di riparazione elevati, alta sensibilità alla qualità del carburante e la necessità di una manutenzione specializzata. La complessità tecnica, lavorando ad altissime pressioni, rende gli iniettori inclini a guasti causati da impurità o scarsa lubrificazione. Inoltre, i componenti sono costosi da sostituire e richiedono professionisti esperti.
Il common rail è il meccanismo più recente ed innovativo: invece di avere un pompante per ogni cilindro, tutti i pompanti vanno ad alimentare il rail, un condotto comune a forma di flauto, dove da una parte si ha l'ingresso della pompa, mentre dall'altra si hanno tante uscite quanti sono gli iniettori.
Tutte le impurità, i depositi e l'umidità del carburante diesel danneggiano gli elementi dell'iniettore di precisione. La superficie dell'iniettore viene danneggiata per erosione e corrosione. Anche la paraffina che si cristallizza in un carburante di scarsa qualità può causare il fallimento del sistema di iniezione.
In condizioni normali, gli iniettori Diesel possono durare tra i 150.000 e i 250.000 km. Tuttavia, la longevità effettiva dipende da: Qualità del carburante utilizzato. Manutenzione regolare (cambio filtri, uso di additivi)