Gli svantaggi principali di una stufa a pellet includono la necessità di manutenzione frequente (pulizia giornaliera/settimanale e annuale tecnica), la rumorosità della ventola, la dipendenza dall'energia elettrica e alti costi di installazione. Inoltre, richiedono spazio per lo stoccaggio del combustibile, possono seccare l'aria e causare inquinamento atmosferico.
Eccessivo riscaldamento del suolo, aumento pericoloso della temperatura nel serbatoio, guasto del sistema di interruzione dell'alimentazione del pellet in caso di surriscaldamento. Questi, secondo il magazine francese Que Choisir, sono i rischi più frequenti per le stufe a pellet.
Un sacco di pellet da 15 kg dura in media dalle 6 alle 18 ore, ma può arrivare fino a 20 ore, a seconda della potenza della stufa, dell'efficienza dell'apparecchio, della temperatura esterna e del livello di isolamento della casa; in genere, a potenza media, un sacco dura circa una giornata di riscaldamento. Il consumo varia tra 0,8 e 2,5 kg/h, quindi con un consumo massimo (2,5 kg/h) durerà 6 ore, mentre a consumi più bassi (circa 1 kg/h) durerà 15 ore.
Il pellet è generalmente più economico rispetto ad altri combustibili come il gasolio, il gas naturale o l'elettricità. Di conseguenza, l'utilizzo di una stufa a pellet può ridurre i costi di riscaldamento e permettere di ottenere risparmi significativi, specialmente se il prezzo del petrolio e del gas è elevato.
Riassumendo, il pellet (se non certificato) è nocivo per due ragioni: a causa dei materiali con cui viene realizzato; durante il processo di combustione può liberare monossido di carbonio CO (che, se inalato, è letale per persone e animali).