Il rischio vulcanico associato a eruzioni sottomarine di questo tipo è estremamente basso, e un'eruzione a profondità maggiore di 500 metri comporterebbe probabilmente soltanto una deviazione temporanea delle rotte navali.
Ma quanto è pericoloso il Marsili? Secondo l'INGV se il Marsili eruttasse, “l'unico segno in superficie sarebbe 'l'acqua che bolle' legata al degassamento e galleggiamento di materiale vulcanico (pomici) che rimarrebbe in sospensione per alcune settimane".
Le ultime eruzioni risalirebbero a 3000 e 5000 anni fa. Secondo il Sismologo Enzo Boschi dell INGV il Marsili non ha una struttura solida ma piuttosto fragile. La camera magmatica è di notevoli dimensioni e questo deve farci capire che il Marsili potrebbe eruttare in qualsiasi momento.
Se si verificasse un'eruzione esplosiva parte del Marsili potrebbe collassare sul fondale del Mar Tirreno e generare uno tsunami le cui onde alte 25-35 metri colpirebbero le isole Eolie nell'arco di qualche minuto. Lo tsunami colpirebbe poi anche le coste della Calabria e della Sicilia con onde alte fino a 20 metri.