Il caglio, sia animale (vitello, agnello, capretto) che microbico o vegetale (cardo), è presente nella quasi totalità dei formaggi, essenziale per la coagulazione del latte. Si trova nei DOP come Grana Padano, Parmigiano Reggiano, Pecorino Romano, Gorgonzola, Brie e Camembert, così come in paste filate e formaggi freschi.
animale: estratto dallo stomaco (abomaso) di vitelli, ovicaprini lattanti o di maiali lattanti ed è l'unico permesso per la produzione di tutti i formaggi DOP, come, Grana Padano, Caciocavallo Silano, Pecorino Romano, Castelmagno e Pecorino di Farindola (caglio suino).
Nella produzione di alcuni formaggi come il Philadelphia, la delicata cagliata viene tagliata per separare il siero dal caglio. Il formaggio viene poi scaldato per ottenere la corretta consistenza. A questo stadio, il basico processo di produzione del formaggio cremoso è completo.
I formaggi più diffusi privi di caglio sono lo stracchino, ottimo per molte ricette, la mozzarella e qualche caciotta, ma è difficile in tal senso trovare formaggi stagionati.
Il disciplinare di produzione del Parmigiano Reggiano ammette solo l'uso del caglio animale (vitello), a differenza di altri formaggi; per esempio, per il Grana Padano è possibile ricorrere al caglio animale, vegetale o batterico.