L'idrogeno è altamente infiammabile, difficile da immagazzinare e rappresenta un rischio per la sicurezza in caso di incidente. Tuttavia, le case automobilistiche come Toyota insistono sul fatto che le auto elettriche a celle a combustibile sono sicure quanto i veicoli convenzionali.
Il motivo che spesso viene citato come principale causa del fallimento è la mancanza di stazioni di rifornimento. Emblematico è il caso italiano, con una sola stazione a Bolzano, ma anche nei Paesi dove si è lavorato di più, come nel Regno Unito, le stazioni sono pochissime (14 in UK).
L'idrogeno è un gas altamente infiammabile che può provocare esplosioni catastrofiche se stoccato in gran quantità. Inoltre, questo elemento può danneggiare e inquinare l'ambiente. Infatti, come accade oggi, la maggior parte della produzione di questo gas deriva da centrali a carbone e da fonti non rinnovabili.
Nell'elenco degli svantaggi troviamo: Produzione di idrogeno, sulla terra non è reperibile allo stato naturale, occorre formarlo in laboratorio. La sua produzione provoca un forte inquinamento. Gas infiammabile.
L'idrogeno non è né tossico né nocivo, non ha alcun effetto fisiologico, ma se inalato in alta concentrazione può causare asfissia per sostituzione dell'ossigeno dell'aria.