Furono prodotti solamente 36 esemplari con motore di 3000 cm³ e 3 con un motore di 4000 cm³ (a cui spesso ci si riferisce col nome improprio di 330 GTO, per via della diversa cilindrata unitaria) per un totale di 39, e questo permise alla Ferrari di essere molto selettiva nei confronti degli acquirenti potenziali.
È stata prodotta in 36 esemplari tra il 1962 e il 1964. A giugno 2018 il miliardario statunitense David McNeil (che possiede diverse Ferrari d'epoca tra cui due 250 GT) ne ha comprata una del 1963 per 68 milioni di dollari.
Una Ferrari 250 GTO è in vendita alla stratosferica cifra di 54 milioni di euro, anzi per la precisione 54.111.948 euro. Ma prima di capire il perché di questa cifra da capogiro, bisogna fare alcune premesse. Intanto, negli ultimi anni le quotazioni delle auto storiche sono salite vertiginosamente.
Nel 1962, quando lo stipendio medio di un operaio italiano s'aggirava intorno alle 50.000 lire, la 250 GTO veniva venduta — solo ed esclusivamente a piloti ed imprenditori nelle grazie di Enzo Ferrari — a circa 10 milioni di lire.